പ്രതിസന്ധികാലത്ത് തളരാതെ ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭയെ നയിച്ചുവെന്നതാണ് ബസേലിയോസ് മാര്ത്തോമ്മാ പൗലോസ് ദ്വിതീയന് കാതോലിക്കാ ബാവയെ കാലം ഓര്ക്കുക. അദ്ദേഹത്തിന്റെ പതിനൊന്നു വര്ഷത്തെ ഭരണകാലത്തില് സഭയുടെ ചരിത്രത്തില് അനേകം നേട്ടങ്ങള് കൊയ്യുവാന് സാധിച്ചുവെങ്കിലും പ്രതിന്ധികളില് കൂടെയാണ് സഭ കടന്നുപോയത്.മലങ്കര സഭയില്് സമാധാനം പുനഃസ്ഥാപിക്കണമെന്ന ആഗ്രഹത്തില് അടിയുറച്ചു നിന്ന സഭാ തലവനായിരുന്നു അദ്ദേഹം.
ധീര്ഘമായ നിയമയുദ്ധത്തിന് അന്ത്യം കുറിച്ചുകൊണ്ട് 2017 ജൂലൈ 3-നാണ് സുപ്രീം കോടതിയില് നിന്ന് ആണ് പള്ളിത്തര്ക്കത്തില് ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭയ്ക്ക് അനുകൂലമായി നിര്ണായകമായ വിധി ഉണ്ടായത്.സുപ്രീംകോടതി വിധിയുടെ അടിസ്ഥാനത്തില് സഭയിലെ ഇരുവിഭാഗങ്ങളും യോജിക്കണമെന്നുളള അതിയായ ആഗ്രഹം പരിശുദ്ധ പിതാവിന് ഉണ്ടായിരുന്നു. എന്നാല് കോടതി വിധി അംഗീകരിക്കുന്നതോടെ ആത്മീയ അധികാരം കൂടി കൈവിട്ടുപോകും എന്ന പ്രതിസന്ധി യാക്കോബായ സഭയ്ക്ക് ഉണ്ടായിരുന്നു.
ഇതോടെ തര്ക്കം തുടര്ന്നു. പള്ളികള് പലതും സംഘര്ഷ കേന്ദ്രം ആയപ്പോള് ഓര്ത്തഡോക്സ് വിഭാഗം വിശ്വാസികള് സംഘര്ഷ കേന്ദ്രങ്ങളിലേക്ക് പോകരുത് എന്ന് നിര്ദ്ദേശിച്ചു.പരുമല ആശുപത്രിയെ ക്യാന്സര് ചികിത്സാ കേന്ദ്രമാക്കി വളര്ത്തുന്നതില് അടക്കം അദ്ദേഹം നിര്ണായക പങ്കാണ് വഹിച്ചത്. കോവിഡ് കാലത്തെ പ്രതിസന്ധി നേരിടുന്ന വിശ്വാസികള്ക്ക് പ്രത്യേക പദ്ധതി നടപ്പാക്കാനും ബസേലിയോസ് മാര്ത്തോമ പൗലോസ് ദ്വിതീയന് കാതോലിക്ക ബാവ നേതൃത്വം നല്കി.